1594 wurde die Gottesackerkirche als Friedhofskapelle auf dem damals im heutigen Stadtpark gelegenen Friedhof
gebaut. Eine Inschrift an der Kirche bestätigt die kurze Bauzeit vom 7. Mai bis 3. Juli 1594.
Im Jahr 1716 wurde die Kirche als für die Gemeindegröße zu gering angesehen, sodass beschlossen wurde, sie nicht nur zu erhöhen, sondern auch im Inneren besser einzurichten. Davon zeugt eine weitere Inschrift an der Außenwand der Kirche.
Während die St.-Johannis-Kirche im Laufe der Jahrhunderte immer wieder verschiedenen Stadtbränden zum Opfer fiel, blieb die Gottesackerkirche, außerhalb der Stadt gelegen, von den Flammen verschont. 1900 wurde sie wegen angeblicher Baufälligkeit geschlossen. 1911 konnte eine Renovierung durchgeführt werden. In dieser Zeit wurde auch die Außentreppe beim Eingang nach innen verlegt. 1966/67 fanden gründliche Instandsetzungs- und Umbauarbeiten statt. Dabei wurden die Kirchenbänke anders angeordnet. Kanzel, Taufstein und Altar wurden erneuert. Der Altar erhielt den barocken Altaraufbau aus dem 17. Jahrhundert.
In den folgenden Jahren wurde der Außenputz an der Straßenseite durch Streusalz und Spritzwasser stark angegriffen. Deshalb sollte er 1991 erneuert werden. Doch genauere Untersuchungen ergaben stärkere Schäden, die eine umfassende Instandsetzung nötig machten.
Schon wenige Jahre später, im Jahr 2018 musste der Außenputz erneut ausgebessert werden. Seitdem soll ein Spritzschutz in den Wintermonaten das Mauerwerk vor allzu großen Schäden bewahren. Die Ausbesserungsarbeiten, die am Dach vorgenommen werden sollten, brachten zutage, dass der Glockenturm im Inneren völlig marode war. Er musste ebenfalls gänzlich neu aufgebaut werden, sodass die Gottesackerkirche seit 2019 Besucher in frischen hellen Farben begrüßen kann.
Verwendet wird die Gottesackerkirche wegen ihrer Nähe zum Friedhof für Trauerfeiern, aber auch für Taufen und Hochzeiten wird sie gerne genutzt.
Von Oktober bis April finden die Abendgottesdienste hier statt; nach dem 6. Januar bis zum Karsamstag alle Gemeindegottesdienste.
