Die erste urkundliche Erwähnung einer Kapelle zu "Gefrezz" stammt vom 15. Januar 1366. Gefrees war damals eine Tochterkirchengemeinde von Marktschorgast. Lange Zeit kämpften die Einwohner von Gefrees darum, einen eigenen Pfarrer zu bekommen. 1498 erhielt Gefrees seinen ersten eigenen Geistlichen. Es versteht sich von selbst, dass Gefrees um diese Zeit längst eine eigene Kirche gehabt haben muss. Wann sie gebaut wurde ist nicht bekannt.
Am 7. März 1521 wird erstmals ein "St. Johannesgotteshaus" genannt, das Johannes dem Täufer geweiht war. Es stand auf dem Platz der jetzigen Kirche, allerdings in der für Kirchbauten üblichen Ost-West-Ausrichtung. Diese Kirche war Fundamentfunden zufolge 35 Schuh lang und 25 Schuh breit, also 11,60 x 8,30 Meter groß. 1553 brannte diese Kirche ab.
Der Neubau übertraf die Vorgängerkirche bei weitem: Sie war 115 Schuh (38,30 m) lang und 48 Schuh (16 m) breit. Am 3. Juni 1718 brannte auch diese Kirche ab.
Ein Neubau gleicher Größe wurde erstellt. 1827 wurde diese Kirche gründlich renoviert. Beim Stadtbrand 1833 brannte „nur“ der Kirchturm, die restliche Kirche konnte erhalten werden. Ein neuer Turm wurde an der Südmauer der Kirche angebaut. Die Kirche lag damals in der Mitte des Marktes am Platz der heutigen Kirche. Das Kirchenschiff zeigte nach wie vor von Westen nach Osten. Zur Hauptstraße hin war dem Gotteshaus das Rathaus vorgelagert. Am 24. September 1872 brannte der gesamte Ort einschließlich der Kirche ab. Nur die Gottesackerkirche und einige Häuser außerhalb des unteren Tores wurden kein Raub der Flammen. Am 6. Juli 1879 wird schließlich die neue, unsere heutige St.-Johannis-Kirche eingeweiht. Sie war 1876-1879 im neugotischen Stil gebaut worden. Dabei hatte die politische Gemeinde den Baugrund ihres Rathauses der Kirche zur Verfügung gestellt und die Kirchengemeinde noch weitere Baugrundstücke in der Nachbarschaft erworben. Das Gotteshaus zeigt nun in Nord-Süd- Richtung, um den Bauplatz optimal ausnutzen zu können. Die nicht unumstrittene Baugröße wurde auf 5/12 der damaligen Gemeindeglieder festgelegt. Sie bietet 590 Gottesdienstbesuchern Platz.
1980/81 wurde die St.-Johannis-Kirche gründlich renoviert und mit einem Volksaltar versehen. Der neugotische Hochaltar blieb erhalten. Am 12. Juli 1981 fand die Wiedereinweihung der Kirche statt.
Eine letzte größere Renovierung fand 2010/12 statt. Hier wurden die Treppen am Haupteingang erneuert und der Seiteneingang zur Kirchstraße wurde mit einer Rampe versehen, um einen barrierefreien Zugang zu ermöglichen. Im Inneren wurden an den Seiteneingängen Windfänge aus Glas angebracht.
